该剧讲述了知名製藥公司-泰達羅斯(Daidalos)的總部發生了一場爆炸案,一個少年被困在崩落的鋼架中無法脫身,生命危在旦夕。此時,在以不追究無照醫療行為的條件下,黑傑克進行了一場任誰都無法想像的「外科手術」… 同一災難引發了另一場悲劇:一位母親身受重傷而全身癱瘓,為了不拖累子女,她找來有「死神化身」之稱的奇利柯醫生以求安樂死。另一方面,他的孩子為了救母親,日以繼夜打工存錢,希望黑傑克為母親動手術。看著他們的身影,黑傑克不自覺想起自身的遭遇… 兩位醫師,一位要致死,一位要救命,就在秘密之島「伊卡洛斯島」上,黑傑克與奇利柯將展開一場生死攸關的衝擊性對決。爆炸事件的內幕為何?系列史上的最大危機,正一步步向這位天才外科醫生逼近!