该剧讲述了照常进行修业之旅的小智(松本梨香 配音)、小刚(上田祐司 配音)、小霞(饭塚雅弓 配音)一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说,在很久很久以前,岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹,当邪魔出现时,两兄妹化作威力强大的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯,他们击败邪魔,并赐予奥多马雷人民名为“心灵水滴”的宝石作为守护。时至今日,神圣的心灵之滴却引起一对盗贼姐妹(释由美子 配音)的垂涎。她们在追踪妹妹拉帝亚斯(折笠富美子 配音)时遭遇小智并受挫,贪欲将带给水都史无前例的灾难…… 本片为神奇宝贝系列第五部电影剧场版。