该剧讲述了从2010年秋季开始播放至今的「口袋妖怪BestWishes」，决定将于6月21日继续播出第2季。在续篇中，小智和皮卡丘将去到新的冒险之地展开故事，至今为止的全国图鉴上的口袋妖怪也将陆续登场，而且与小智一起冒险的还有将在7月14日上映的『剧场版口袋妖怪BestWishes「酋雷姆VS圣剑士」「梅洛埃塔的闪亮独奏会」』中登场的幻之口袋妖怪梅洛埃塔。
