该剧讲述了2010年，中国与肯尼亚两国正式启动一项联合考古项目，由中方的中国国家博物馆和北京大学考古文博学院，联合肯尼亚国家博物馆共同完成对肯尼亚的陆地和水下考古工作。纪录片《发现肯尼亚》全面纪录这次划时代的考古行动，以一种现在进行时态，伴随中肯双方考古队探索历史未知，考古勘察并发掘水下文化遗存和陆上遗址、遗物，解读中非古代文化交流、经贸往来的一些神秘谜团。更为重要的是，纪录片《发现肯尼亚》不仅关注中国和肯尼亚之间的历史交流、中国海上丝绸之路的发展变迁，同时也把目光聚焦在肯尼亚自身的文明发展和变迁。
